Dynamique de l’excrétion virale chez les patients infectés par le SARS-CoV-2

Introduction

La durée de contagiosité d’un patient infecté par le SARS-CoV-2 n’est à ce jour pas encore clairement définie. Dans l’attente de nouvelles données, des recommandations sur les critères de levées d’isolement (précautions gouttelettes et contact), ont été émises par le Haut Conseil de santé publique. Ces recommandations se basent sur des critères cliniques et temporels et recommandent une durée totale d’isolement d’au moins 14 jours après le début des symptômes en population générale et d’au moins 24 jours chez les patients immunodéprimés. D’autres recommandations internationales (notamment celles de l’eCDC et des Chinoises) associent aux critères de levée d’isolement, une à deux PCR de contrôle sur écouvillons nasopharyngés. Notre établissement centralise depuis le début de l’épidémie les prélèvements pour recherche de SARS-CoV-2 par RT-PCR sur écouvillons nasopharyngés pour 7 établissements de santé. L’objectif de notre étude a été d’évaluer la proportion de patients gardant une PCR positive à SARS-CoV-2 au-delà de 24 jours après la première PCR positive.

Matériels et méthodes

Étude rétrospective incluant l’ensemble des patients ayant eu un dépistage par PCR nasopharyngée (3 mars–10 juin 2020) au sein des 7 établissements. Les données analysées ont inclus l’âge des patients, le délai de réalisation (en jours) entre 2 PCR, le service clinique.

Résultats

À la date du 10 juin, 3603 dépistages (dont 37 non-rendus pour problèmes techniques) ont été réalisés chez 3032 patients ; parmi ces patients, 348 ont eu plusieurs dépistages : 278 ont été dépistés deux fois, 47 trois fois, et 23 quatre fois ou plus. La répartition des patients gardant une PCR positive au moins 24 jours après la première était la suivante :

– 20 patients ont eu un dépistage de contrôle entre 24 et 29 jours après le premier dépistage : 1 patient était encore positif à j27 (5 %) ;

– 42 patients ont eu un dépistage de contrôle entre 30 et 41 jours : 8 étaient encore positifs (19 %) ;

– 34 patients ont eu un dépistage de contrôle après 42 jours : 3 étaient encore positifs (9 %).

Les 12 patients gardant une PCR positive au moins 24 jours après la première, avaient été hospitalisés, avaient une moyenne d’âge de 66 ans et 7 d’entre eux avaient un cancer sous-jacent ou avaient nécessité une prise en charge en réanimation.

Conclusion

Plus de 10 % des patients dépistés au moins 24 jours après le diagnostic microbiologique gardait une PCR nasopharyngée positive. Même si l’excrétion d’ARN viral n’équivaut pas directement à l’infectiosité, au vu des inconnues encore importantes sur le SARS-CoV-2, la levée précoce de l’isolement doit être réfléchie au cas par cas, en particulier pour les formes graves et les patients immunodéprimés.