Методика оценки базового репродуктивного числа актуальных вариантов вируса SARS-CoV-2

Актуальность. Высокая заразность и мутагенность SARS-CoV-2 в сочетании с относительной кратковременностью сохранения иммунного ответа означает, что проблема контроля заболеваемости COVID-19 и далее будет актуальной. Для планирования противоэпидемических мероприятий нужно знать количественную величину базового репродуктивного числа (R0), однако имеющиеся методики позволяют оценить его только для первого варианта SARS-CoV-2. В связи с этим актуальна разработка методик оценки R0 для актуальных вариантов возбудителя COVID-19 по скорости смены одного варианта другим. Цель. Количественная оценка базового репродуктивного числа (R0) для вариантов вируса SARS-CoV-2, доминировавших в разные периоды пандемии COVID-19, а также создание методики, позволяющей оценить контактное число сменяющих друг друга вариантов других патогенов, включая как вирусы, так и бактерии. Материалы и методы. Используется модификация SIR-модели для двух вариантов SARS-CoV-2 и фактические данные о заболеваемости COVID-19 и результатах секвенирования вируса, выделенного в Москве. Результаты. Получено, что для варианта SARS-CoV-2 Дельта R0 было около 10, а для актуальных вариантов Омикрон оно превышает 30. Обсуждение. В отличие от имеющихся предлагаемая методика позволяет оценивать базовое репродуктивное число в условиях проведения противоэпидемических мероприятий, а также с учетом динамики заболеваемости в популяции с коллективным иммунным и типа циркулирующего вируса патогена. Заключение. Предложенная методика позволяет оценить изменение базового репродуктивного числа возбудителя COVID-19 по скорости вытеснения одного варианта SARS-CoV-2 другим

1. Msemburi W, Karlinsky A, Knutson V, et al. The WHO estimates of excess mortality associated with the COVID-19 pandemic. Nature. 2023. Vol. 613, N7942. P. 130-137.

2. Wei X, Li L, Zhang F. The impact of the COVID-19 pandemic on socio-economic and sustainability. Environ Sci Pollut Res Int. 2021. Vol. 28, N48. P. 68251-68260.

3. Dubey S, Biswas P, Ghosh R, et al. Psychosocial impact of COVID-19. Diabetes Metab Syndr. 2020. Vol. 14, N5. P. 779-788.

4. Izadi N, Taherpour N, Mokhayeri Y, et al. Epidemiologic Parameters for COVID-19: A Systematic Review and Meta-Analysis. Med J Islam Repub Iran. 2022. Vol. 19, N36. P. 155.

5. Popova AY, Smirnov VS, Andreeva EE, et al. SARS-CoV-2 Seroprevalence Structure of the Russian Population during the COVID-19 Pandemic. Viruses. 2021. Vol. 13, N8. P. 1648.

6. Акимкин В. Г., Семененко Т.А., Углева С. В. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг. Вестник Российской академии медицинских наук. 2022. Т. 77, № 4. С.254-260.

7. Lim SY, Park S, Kim JY, et al. Comparison of Waning Neutralizing Antibody Responses Against the Omicron Variant 6 Months After Natural Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Infection (With or Without Subsequent Coronavirus Disease 2019 [COVID-19] Vaccination) Versus 2-Dose COVID-19 Vaccination. Clin Infect Dis. 2022. Vol. 75, N12. P. 2243-2246.

8. Ahmed S, Shemanto M, Azhari H, et al. Estimation of the doubling time and reproduction number for COVID-19. Comput Methods Biomech Biomed Engin. 2022. Vol. 25, N6. P. 668-674.

9. Zhou H, Møhlenberg M, Thakor JC, et al. Sensitivity to Vaccines, Therapeutic Antibodies, and Viral Entry Inhibitors and Advances To Counter the SARS-CoV-2 Omicron Variant. Clin Microbiol Rev. 2022. Vol. 35, N3. e0001422.

10. Wang Y, Lu G, Du J. Calibration and prediction for the inexact SIR model. Math Biosci Eng. 2022. Vol. 19, N3. P. 2800-2818.

11. Gerasimov A, Lebedev G, Lebedev M, et al. COVID-19 Dynamics: A Heterogeneous Model. Front Public Health. 2021 N8. P. 558368.

12. Герасимов А.Н. Модели и статистический анализ в эпидемиологии статистических заболеваний. Тихоокеанский медицинский журнал. 2019. Т.3, №77. С. 80- 83.

13. Guerra FM, Bolotin S, Lim G, et al. The basic reproduction number (R0) of measles: a systematic review. Lancet Infect Dis. 2017. Vol. 17, N12. e420-e428.

14. Narasimha M. Beeraka, Sukocheva OA, Lukina E, et al. Development of antibody resistance in emerging mutant strains of SARS CoV‐2: Impediment for COVID‐19 vaccines. Rev Med Virol. 2022. Vol. 32, N5. e2346